《调查处理规定》共5章54条，从调查处理主体、违规行为情形、违规处理措施、调查处理程序等方面作出了明确规定，为相关主体开展违规行为调查处理提供制度遵循。

一是关于调查处理主体。各级科学技术行政部门，各类科技计划项目、科技平台等科技活动主管部门是科学技术活动违规行为调查处理的主体，应当根据各自职责和权限开展调查处理；涉及多个主管部门的，可组织开展联合调查。

二是关于违规行为情形。划定科技活动的“红线”“底线”，进一步明晰了科技活动违规行为的具体认定标准，以清单形式列举了6类科技活动主体的68种违规行为，覆盖了科技活动实践中可能出现的各种具体违规情形。对于《科技进步法》中明确列出的违法行为，也作了相应的制度衔接。

三是关于违规处理措施。针对6类科学技术活动主体的违规行为，分别提出了相应的处理措施。同时，区分违规行为的性质、情节、影响和危害程度等，细化了适用条件、处理标准，确保处理尺度统一，处理措施可落地、可执行。

四是关于调查处理程序。《调查处理规定》增设“调查处理程序”专章，明确规定了受理条件、调查启动、调查措施、事实确认、调查处理期限等事项，并对救济途径、违纪违法线索移送、调查处理工作纪律等作出制度安排。